Карташевский, получив знаменитую записку Семашко, представил ее министру Шишкову, а тот — государю Николаю Павловичу. Великий восторг вызвало сообщение Карташевским Семашко, что государь не только обратил внимание на его записку, но и приказал Карташевскому объявить ему царскую благодарность. Еще более испытал Семашко радости и утешения, когда государь при представлении ему Семашко с митрополитом Булгаком и епископом Мартусевичем, излагая положение Униатской Церкви, почти слово в слово повторял целые места из его записки. Имея, таким образом, в самом государе крепкую опору для своих святых намерений, Иосиф Семашко поставил задачей своей жизни спасти униатское стадо от расхищения волков в одеждах овечьих, считая себя при этом орудием Божьим, избранным на. такой великий подвиг еще с детства.
Записка Семашко оказала громадное влияние на положение Униатской Церкви и послужила исходным пунктом в деле ее дальнейшего устройства. 28 апреля 1828 г. последовал Высочайший указ, которым повелевалось: 1) отделить в административном отношении Униатскую Церковь от Католической и для управления первой учредить особую Униатскую коллегию в составе митрополита (председателя), одного епископа, одного архимандрита и четырех протоиереев, обязав ее позаботиться об очищении Униатской Церкви от латинских обрядов и восстановлении чистоты ее на основах грамот 1595 г., положивших начало унии; 2) разделить Униатскую Церковь на две епархии: Белорусскую, с главным городом Полоцком, и Литовскую, с главным городом Брестом; 3) немедленно завести для униатов, готовящихся к духовному званию, училища и семинарии, а в Полоцке — академию, на содержание которых взять средства из имений базилианского ордена; 4) подчинить все базилианские монастыри местным униатским епископам и сверх этого предоставить коллегии право закрывать базилианские монастыри, какие она найдет нужным. Этот указ сильно встревожил иезуитов и базилиан, в особенности последних, так как он, во-первых, лишал базилианский орден дарованных ему папой прав и привилегий, а затем, вследствие отнятия у него монастырей и монастырских имений, материально обессиливал его. Лишь только был обнародован этот указ, со стороны латино-униатов предприняты были противодействия ему, но как униатский митрополит Иосафат Булгак, так и латинский епископ Мартусевич ослабить действия этого указа были бессильны. Тогда базилиане, униатские иезуиты, обратились за содействием к папе, и тот объявил русскому правительству против преобразований Униатской Церкви и особенно против закрытия базилианских монастырей энергичный протест. Но русское правительство не только не вняло голосу этого протеста, а, напротив, на папский протест был послан ответ, составленный Семашко по поручению императора Николая Павловича. В этом ответе было указано папе, что его вмешательство в униатские дела не имеет оснований, так как преобразование Униатской Церкви и сокращение лишних базилианских монастырей есть дело чисто внутреннее, так сказать домашнее. Вдобавок оно нисколько не противоречит тем обещаниям — не вводить в унию ничего, не принадлежащего Греческой Церкви, — которые дали его предшественники униатам и которые до сих пор не исполнялись. Этот ответ заставил папу замолкнуть.
Между тем начались преобразования Униатской Церкви, которые, в первую очередь, коснулись ее административного управления. Образована была особая Униатская коллегия, председателем которой по Высочайшему повелению был назначен униатский митрополит Булгак, а помощником его— Иосиф Семашко. Коллегии было поручено обревизовать все базилианские монастыри и ненужные из них упразднить. Через три месяца ревизия была закончена, и коллегией было закрыто более 60 базилианских монастырей, и фундуши их, с Высочайшего согласия, поступили на содержание униатских училищ и белого духовенства, которое, кстати сказать, получая не более 25 рублей в год на каждый приход, было совершенно не обеспечено. Затем приступлено было к основанию духовно-учебных заведений и, между прочим, духовной семинарии. Последняя была открыта 7 октября 1828 г. при Жировицком монастыре.
Чтобы ослабить официальную связь базилианского ордена с папой, когда умер прокуратор этого ордена, проживавший в Риме, по настоянию Семашко должность прокуратора была уничтожена, и преемник ему не был назначен.
Подготавливая униатов к воссоединению с Православной Церковью, Семашко, дабы ознакомить униатское духовенство с превосходством ее учения над католичеством, перевел сочинение Московского митрополита Филарета «Разговоры между испытующим и уверенным о православии Греко-Российской Восточной Церкви» на местный язык. Книжка эта, разосланная по униатским приходам, убедила униатов в том, что истина содержится только в Восточной Церкви, и принесла большую пользу в деле их воссоединения с этой Церковью.
Кипучая и неустанная деятельность протоиерея И. Семашко, превосходящая, по-видимому, человеческие силы, была оценена императором Николаем Павловичем, и Семашко в 1829 г. назначен был викарным епископом и председателем консистории греко-униатской Белорусской епархии, с наименованием епископом Мстиславским и с правом присутствования в коллегии в Петербурге. Хиротония его совершена была 8 августа того же года митрополитом Булгаком, епископом Мартусевичем и католическим епископом Гедройцем в Римско-Католической церкви Св. Екатерины, что, по его словам, было для него весьма тягостно, так как совершалась она людьми, по духу и убеждениям ему чуждыми, но, принося присягу на верность папе, он произнес ее с пропуском несходных с его совестью мест.
Второго апреля 1833 г. Иосиф Семашко назначен был Литовским епископом и тогда же выразил желание присоединиться к Православной Церкви, о чем и подал просьбу в Святейший Синод, но по важным причинам желание его не было удовлетворено. Во всяком случае он получил уверение от министра Блудова, что недалек тот час, когда начатому им делу воссоединения будет дан желательный для него оборот.
Приняв в управление Литовскую епархию, епископ Иосиф отправился для обозрения ее, а также семинарии и училищ Литовской и Полоцкой епархий. Почти четыре месяца продолжалась его визитация, и везде, где он побывал, Семашко произвел на духовенство и народ самое плодотворное влияние. Желая приблизить дело воссоединения к скорейшей развязке, епископ Иосиф подал проект подчинить Униатскую коллегию Святейшему Синоду, но проект этот не встретил у русского правительства надлежащего сочувствия. Решено было только обновить высшую униатскую иерархию, и по указанию Иосифа в 1834 г. были назначены три епископа, а именно: Василий Лужинский — Белорусским, а Антоний Зубко и Иосафат Жарский — литовскими викарными епископами. Хиротония их совершена была митрополитом Булгаком, епископом Иосифом и латинским епископом Павловским. Иосафат Жарский сначала был католиком, затем вступил в орден базилиан и был в нем протоархимандритом, и наконец принял православие и умер Пинским епископом.
Нелишне заметить, что до 1831 г. вопрос о воссоединении униатов серьезно не поднимался. Вся работа по защите Униатской Церкви, главным образом, шла в том направлении, чтобы обезопасить ее от поглощения латинством. Решено было на первых порах очистить униатскую обрядность от латинства. С этой целью 4 февраля 1834 года в г. Полоцке состоялся съезд униатских епископов, и на нем по предложению епископа Семашко было постановлено: а) ввести во всех Униатских церквах богослужебные книги православного издания; б) устроить в Униатских церквах такие же иконостасы, какие существуют в Православных; в) ввести в употребление при униатском богослужении такую же утварь, какая существует в церквах Православных. Благодаря этим постановлениям униатские храмы должны были совершенно уподобиться и по внутреннему устройству, и по внешнему виду православным. Когда эти постановления коллегией были обнародованы, почти все униатское духовенство приняло их беспрекословно, за незначительным исключением.
Чтобы помочь Униатским церквам обзавестись православными богослужебными книгами, Российский Святейший Синод по ходатайству епископа Семашко разослал по церквам 1500 православных служебников и других церковных книг и назначил на каждую униатскую епархию по 500 рублей пособия для устройства иконостасов в беднейших приходах.
В том же 1834 г. епископ Семашко опять объехал униатские епархии и увидел, что воссоединение униатов принимает благоприятный оборот. Он повидался лично более чем с 800 священниками, собранными в определенных местах, беседовал с каждым из них, делал им нужные внушения и наставления и с удовольствием замечал, что многие из них не только без отвращения, но даже охотно обучались забытому, а некоторые и совершенно неизвестному, православному богослужению; что в духовенстве оживилась любовь к православной обрядности, оживилась и борьба с латинством.
