После казни короля о королеве как-то позабыли: жажда мести народа «за причиненные ему страдания» временно была утолена. Охрана ослабила бдительность: за пленницами перестали ходить по пятам, а для королевы оборудовали площадку на крыше башни, чтобы она могла дышать там воздухом, не спускаясь в сад. Молодой комиссар, якобинец Тулан, проникшийся симпатией к королеве и сочувствовавший ее горю, решил попытаться спасти ее. Вместе с тюремщиком Лепитром, также с симпатией относившимся к несчастной вдове, Тулан предложил вывести королеву и принцесс в одежде тюремщиков, а Луи Шарля под видом сына стражника. Затем в наемной карете они отправятся на побережье, а оттуда в Англию. С помощью Тюржи королева связалась с шевалье де Жаржеем, и тот вручил Лепитру 200 тысяч ливров, дабы тот раздобыл паспорта.
18 марта французские войска потерпели поражение у Неервинде, и Тампль вновь окружили беснующиеся санкюлоты, обвинявшие во всем «вдову Капет», якобы тайно руководившую заговором, направленным против республики. Обвинения были голословны, но Коммуна удвоила бдительность, закрыла заставы и временно прекратила выдачу паспортов. Осуществить задуманный план оказалось невозможно. На крайний случай Лепитр предложил вывести из тюрьмы одну Марию Антуанетту, но та отказалась: она не могла оставить детей и Елизавету. «У нас была красивая мечта, и более ничего, но мы на этом много выиграли, ибо у нас появилась еще одна возможность убедиться в вашей безграничной преданности мне. Я бесконечно вам доверяю… но интересы моего сына — это то единственное, чем я руководствуюсь, поэтому, хотя я была бы счастлива оказаться за пределами этих стен, я не могу согласиться на разлуку с ним», — писала королева Жаржею.
Понимая, какой опасности подвергался Жаржей, Мария Антуанетта нашла предлог удалить его из страны — попросила отвезти братьям короля последние дары Людовика, которые она не решалась хранить у себя, опасаясь, что их могут изъять. «Т[улан] передаст вам условленные вещи для X.», — писала она Жаржею в начале марта, имея в виду оставленные ей королем памятные вещицы, которые следовало передать Провансу. Месье, находившийся в то время в городке Хамм в Вестфалии, уже поспешил объявить себя регентом, однако королева не согласилась с ним и обращалась к нему как прежде. Вместе с королевскими вещами Мария Антуанетта вручила Жаржею еще одну печатку: «Печатка, которую я прилагаю, дело иное. Мне бы хотелось, чтобы вы передали ее тому человеку, который прошлой зимой приезжал ко мне из Брюсселя, и сказали бы ему, что эти слова верны как никогда». Речь шла о кольце, на котором были выгравированы летящий голубь и девиз «Tutto a te me guida» («Все ведет меня к тебе»). Мария Антуанетта посылала его на память Ферзену, но получит он его уже после ее гибели; говорят, он носил это кольцо до конца жизни. «Если вы останетесь недовольны X., поезжайте к моему племяннику», — писала королева, имея в виду Франца II.
Положение республики осложнялось. Обострился продовольственный кризис. В Вандее началось восстание против новых порядков; в разных концах страны вспыхивали контрреволюционные мятежи, восстали Тулон и Лион; для борьбы с контрреволюцией был создан Чрезвычайный (революционный) трибунал; 13 июля, накануне праздника федерации, был убит Марат, редактор газеты «Друг народа». Ширилась и разгоралась война с внешним врагом, республика объявила войну монархам Испании, Англии и Голландии; сформировался институт правительственных комиссаров в армии. Для решения важнейших государственных вопросов был создан Комитет общественного спасения (который вскоре станет главным органом управления якобинской диктатуры). В конце мая яростная фракционная борьба между жирондистами и якобинцами завершилась победой якобинцев; жирондисты были арестованы и отправлены на гильотину.
В этой напряженной обстановке о «вдове Капет» вспомнил сам Робеспьер. «Смерть Марии Антуанетты должна пробудить во всех сердцах священную ненависть к королевской власти», — заявил он в речи 27 марта и предложил судить Марию Антуанетту Австрийскую по обвинению в соучастии в заговоре против государства. 10 апреля он вновь напомнил о своем предложении. После такого заявления положение узниц резко ухудшилось. По ночам стали приходить комиссары Коммуны и устраивать обыски, переворачивая все, вплоть до матрасов на кроватях, и заставляя легко одетых женщин и ребенка стоять рядом и дрожать от холода. Сторожа «забывали» отворять тяжелые ставни, оставляя узников в темноте; когда же за оградой собиралась толпа, выкрикивавшая угрозы и оскорбления в адрес королевы и ее детей, ставни распахивали настежь. У Елизаветы забрали шляпу брата, которую тот оставил ей на память.
Дампьер, сменивший бежавшего к австрийцам генерала Дюмурье, предложил князю Саксен-Кобургскому обменять королеву и ее сына на пленных французских комиссаров и начать переговоры. Князь отказался, сославшись на то, что не знает, какая власть сейчас во Франции и сколько она продержится. В дело вмешался Мерси, попытавшийся найти поддержку у других генералов антифранцузской коалиции, но столь же безрезультатно.
3 июля согласно постановлению Конвента Луи Шарля забрали у матери. Несмотря на запись в журнале Тампля, что сына разлучили с матерью «со всем возможным мягкосердечием», Мадам Руаяль писала, что брат плакал и цеплялся за мать, а королева умоляла убить ее, только не забирать сына, и не выпускала его из объятий до тех пор, пока сторожа не пригрозили застрелить его. Мадам Елизавета и Мадам Руаяль одели мальчика (дело происходило после девяти вечера, когда Луи Шарль уже лежал в кровати), он со слезами расцеловал всех и, не переставая плакать, пошел за комиссарами. Королева попросила дозволения видеться с сыном хотя бы за трапезами, и ей обещали передать ее просьбу в комитет, но, видимо, позабыли. Мальчика отдали на воспитание, а точнее, на перевоспитание сапожнику Симону, велев ему «сделать из маленького Капета доброго санкюлота». О трагической судьбе Людовика XVII написано немало книг; историки в основном сходятся на том, что голод и дурное обращение сделали свое дело: 8 июня 1795 года в Тампле ребенок скончался от туберкулеза. Легенда же гласит, что друзья королевы сумели устроить ему побег…
После разлуки с сыном Мария Антуанетта, вся в черном, превратилась в тень, а когда дочь или Мадам Елизавета пытались растормошить ее, лишь глубже замыкалась в себе. Предполагают, что авантюрист и темная личность барон де Батц пытался освободить королеву, направив при содействии тюремного администратора Мишони своих людей в Тампль, чтобы те под видом патруля вывели узниц из башни, но предупрежденный анонимной запиской сапожник Симон (тот самый, которому передали маленького Луи Шарля) сорвал этот план. Есть основания считать, что преданные королеве люди начинали переговоры о спасении королевы с Дантоном, но тоже безуспешно, ибо Марию Антуанетту охраняли столько людей, что вождь революции побоялся, как бы его причастность к такому предприятию не стала достоянием гласности. Убедившись, что королева как заложница ценности не представляет, якобинцы решили начать процесс. 1 августа Барер, поднявшись на трибуну Конвента и разоблачая «заговор монархов Европы», воскликнул: «Неужели мы забыли о преступлениях Австриячки, неужели наше равнодушие к семье Капет ввело в заблуждение наших врагов? Настало время истребить все побеги королевской власти!» Депутаты единогласно постановили: «Марию Антуанетту предать суду чрезвычайного трибунала; немедленно перевести означенную Антуанетту в Консьержери». В то время тюрьму Консьержери называли «прихожей гильотины».
