Бывший министр очень быстро отплатил злопыхателям. В перевороте Восемнадцатого брюмера он, хоть и не поддержал Наполеона, отказался даже пальцем шевельнуть для того, чтобы спасти Директорию. В итоге в 1800–1802 годах генерал занимал пост государственного советника и командующего войсками Западной Франции. В этом качестве Бернадоту пришлось заниматься подавлением восстания в Вандее (1800) и отбиваться от обвинений в причастности к Рейнскому заговору (распространению антинаполеоновских памфлетов).
В январе 1803 года Жан Батист снова был назначен послом — на этот раз он должен был отправиться в Соединенные Штаты Америки. Но поскольку Франция как раз вступила в войну с Англией, миссию решили отложить. Генерал почти год провел в Париже в бездействии. Нельзя сказать, чтобы это радовало столь активную личность. Когда же 18 мая 1804 года Бонапарт провозгласил себя императором, беарнец, взвесив все «за» и «против», выразил лояльность новому монарху. В благодарность Наполеон даровал Жану Батисту звание маршала Франции и уже в июне отправил его в качестве своего наместника в Ганновер. Там Бернадот впервые продемонстрировал свои возможности экономиста, политика и юриста, проведя ряд преобразований системы налогообложения.
Когда в 1805 году началась новая военная кампания, наместнику снова пришлось вспомнить о том, что он прежде всего военный, и во главе 1-го армейского корпуса отправиться в Южную Германию, где он принял участие в Ульмской битве, захватил Ингольштадт, форсировал Дунай и вышел к Мюнхену. После захвата Зальцбурга корпус присоединился к основным силам Наполеона и принял на себя самый мощный удар противника в Аустерлицком сражении. Когда мир с Австрией был подписан, Бернадот передислоцировался в Баварию, в Ансбах. В 1806 году он, в благодарность за хорошую службу, был пожалован титулом князя Понтекорво. В том же году корпус новоиспеченного аристократа разбил при Галле отступавших пруссаков и принудил их к капитуляции, которая была подписана 7 ноября. А 25 января 1807 года беарнец разбил русские войска при Морунгене. В июле Бернадот стал командующим войсками в Северной Германии и Дании; тогда же он начал вынашивать и план кампании против Швеции, однако поддержки в этом вопросе не получил. Позднее, в 1809-м, будущий монарх являлся командующим войсками в Голландии, где сумел разбить английский десант, высадившийся на остров Вальхерн.
В том же году в Швеции произошел государственный переворот, в ходе которого был свергнут король Густав IV и установлена конституционная монархия. На трон взошел старый и больной Карл XIII, который, к тому же, не имел детей. Наследником престола стал датский принц Христиан Август, но спустя всего год этот претендент на корону внезапно скончался. Поскольку Швеция в то время сильно зависела от Франции, риксдаг отправил к Наполеону послов с вечным вопросом: «Что делать?!» Император достаточно долго колебался, выбирая кандидатуру наследного принца. Наконец барон Карл Отто Мернер, член шведской делегации, не выдержал. Чтобы покончить с «подвешенным» положением и завершить наконец свою миссию, он обратился к Бернадоту с просьбой в будущем принять престол государства. Мернер знал, что делает: беарнец, зарекомендовавший себя как талантливый военачальник, искусный дипломат и мудрый администратор, был весьма популярен в Швеции, поскольку проявлял редкую гуманность к пленным согражданам барона. К тому же генерал имел солидное состояние и поддерживал тесные связи с торговыми кругами ганзейских городов. В общем, лучшей кандидатуры на роль монарха на тот момент, возможно, и не существовало.
Государственный совет Швеции одобрил и поддержал начинание Мернера. Единственное, что требовалось от Бернадота для того, чтобы стать наследником короны, — это перейти в лютеранскую веру. Беарнец, в отличие от Наполеона, долго раздумывать не стал, и 21 августа 1810 года он был избран риксдагом кронпринцем Швеции. 20 октября он, как требовалось «по контракту», принял лютеранство, а уже 5 октября официально стал приемным сыном Карла XIII (дабы в будущем не возникло проблем династического характера). Теперь он носил имя Карла Юхана, а поскольку его новый «родитель» по состоянию здоровья не мог выполнять государственные обязанности, Бернадот стал исполнять обязанности регента страны.
Вряд ли Наполеон обрадовался тому, что трон Швеции «пристроили» без его участия. Однако император считал, что государство, во главе которого стоит один из его маршалов, является вассалом Франции. А раз так, он потребовал от Бернадота объявить Англии войну и присоединиться к континентальной блокаде. Жан Батист вынужденно подчинился, но Швеция его стараниями участия в собственно военных действиях так и не принимала. Правда, Наполеон напомнил об обязанности прислушиваться к его мнению: в январе 1812 года его войска заняли Шведскую Померанию. Тем не менее, Бернадот воздержался и от войны с Россией, а весной 1813-го, как только начала формироваться антинаполеоновская коалиция, вообще разорвал отношения с Францией. Регент собирался атаковать одного из союзников императора, Данию, и отнять у нее Норвегию. Однако новые союзники Жана Батиста, Россия и Великобритания, выделившие под этот «проект» субсидию Швеции, настояли на том, чтобы поход против Дании был отложен до разгрома Наполеона. Кстати, именно прибытие под Лейпциг Северной союзной армии под командованием Бернадота 17 октября 1813 года решило исход битвы. После этого кронпринц отправился на Данию и уже в январе 1814-го вынудил Фредерика VI подписать Кильский договор, согласно которому Норвегия отошла к Швеции. Затем Бернадот снова повел войска против наполеоновской армии. Войдя весной 1814 года в Париж, Жан Батист предложил себя на роль короля Франции. Однако европейских монархов такой «собрат по профессии» не устроил, и они предпочли вернуть узурпированный Наполеоном трон династии Бурбонов.
Норвегия, тем временем, не пришла в восторг от своего насильственного присоединения к Швеции и в мае 1814 года приняла либеральную конституцию. Тогда шведский регент снова взялся за воплощение своей мечты, вторгшись в пределы строптивой страны. Ему все же удалось — путем компромисса и многочисленных уступок — добиться признания норвежцами унии двух держав. Зато по вине Австрии и вновь вернувшихся на трон Франции Бурбонов у него прибавилось головной боли: оппоненты не признавали кронпринца Швеции и норовили передать этот титул сыну свергнутого Генриха VI. К тому же, воспользовавшись напряженной обстановкой, в самой Швеции активизировались противники Бернадота. Правда, благодаря поддержке России и Великобритании власть регент удержал, но с Западной Померанией, являвшейся последним владением страны на южном побережье Балтики, ему все же пришлось проститься: в 1815 году эта территория была присоединена к Пруссии.
