Сперанский между тем продолжал получать новые назначения, награды и другие знаки монаршей милости. 29 ноября 1807 года он был назначен членом созданного в этот день «Комитета для изыскания способов усовершенствования духовных училищ и к улучшению содержания духовенства». Помимо статс-секретаря Михаилы Сперанского в его состав вошли: Амвросий, митрополит Новгородский и Санкт-Петербургский; Феофилакт, епископ Калужский; обер-священник Иоанн Державин, обер-прокурор Святейшего Синода князь Александр Голицын.
26 июня 1808 года императору Александру было представлено на утверждение от имени данного комитета «Начертание правил об образовании духовных училищ». Текст этого документа, содержавший план реформы системы духовного образования в России, был целиком написан Сперанским. В соответствии с ним предполагалось создание духовных учебных заведений четырех ступеней: академии, семинарии, уездные училища и приходские школы. Для руководства всей системой духовного образования при Святейшем Синоде учреждалась «Комиссия духовных училищ». Каждая из 36 епархий, существовавших на тот момент в России, должна была иметь одну семинарию, 10 уездных училищ и до 30 приходских школ. В каждом из четырех духовно-учебных округов должна была действовать одна духовная академия (в Санкт-Петербурге, Москве, Киеве, Казани). При каждой из четырех духовных академий создавалась «Конференция по поощрению учености», главным образом в области богословских наук.
В день утверждения императором «Начертания правил об образовании духовных училищ» представивший его «Комитет для изыскания способов усовершенствования духовных училищ и к улучшению содержания духовенства» прекращал свою деятельность, а его члены переводились в состав нового органа — «Комиссию духовных училищ». Главной задачей данной комиссии становилась на первых порах разработка уставов для учебных заведений всех ступеней. Выполнение данной задачи было возложено на Сперанского. Он написал введение к уставам и первую часть Устава духовных академий. Занятость государственными делами не позволила ему закончить эту работу. Передав ее для завершения Рязанскому архиепископу Феофилакту (Русанову), Михайло Михайлович занялся разработкой проектов новых государственных преобразований.
Деятельность «Комиссии духовных училищ», характер которой был во многом определен Сперанским, впоследствии высоко оценивалась историками Церкви. Так, по словам профессора Киевской духовной академии Ф. Титова, благодаря этой комиссии в рамках системы духовного образования в России была создана: «школа идейная, возбуждавшая в своих питомцах дух самосознания, философского, серьезного отношения ко всему окружающему, располагавшая их к критическому свободному обсуждению всяких запросов духа и жизни».
В полной мере осознавая, что качество духовного образования зависит не только от характера преподавания наук в духовных учебных заведениях, но и от того, насколько прочна их материальная, финансовая основа, Сперанский предложил императору Александру передать на содержание духовных школ доходы от продажи церковных свечей. Его величество дал на это свое согласие. Кроме того, Сперанским были предложены и другие меры для финансовой поддержки духовных учебных заведений, позволявшие получить для этой цели к 1814 году капитал в 25 миллионов рублей. Так, по его плану Святейший Синод должен был положить в банк часть церковного имущества общей стоимостью в 1 миллион 200 тысяч рублей сроком на шесть лет, к этой сумме предполагалось добавить 1 миллион 800 тысяч рублей из государственной казны и 3 миллиона рублей из доходов от годовой продажи свечей.
Подписав 26 июня 1808 года Именной Указ Святейшему Синоду «Об усовершенствовании духовных училищ», император Александр в тот же день издал рескрипт, обращенный к статс-секретарю Сперанскому. В нем говорилось: «Отличные труды ваши о усовершенствовании духовных училищ, в коем вы столь много содействовали к окончании дела полезного для духовенства, Нас удостоверяют еще более, что всякого рода поручения вы исполняете к удовольствию Нашему. Изъявляя за оное особенное Монаршее благоволение, всемилостивейше пожаловали Мы вас Кавалером ордена нашего Святого Равноапостольного Князя Владимира второй степени большого Креста, коего знаки при сем для возложения на вас препровождаем, пребывая всегда Императорскою Нашею милостию к вам благосклонный Александр».
Работая над планом реформы системы духовного образования в России, Сперанский одновременно писал проект устава светского учебного заведения нового типа, — Лицея, названного впоследствии, по месту его расположения, Царскосельским. Черновой вариант устава, занявший тридцать шесть листов, был завершен им 11 марта 1808 года. Сперанский следующим образом определил в его первой статье главную задачу данного учебного заведения: «Лицей учреждается для образования юношества, особенно предназначенного к высшим частям государственной службы»[22]. В окончательном варианте Устава Царскосельского лицея, который император Александр I утвердит 12 августа 1810 года, эта статья примет следующий вид: «1. Учреждение Лицея имеет целью образование юношества, особенно предназначенного к важным частям службы Государственной». Замена слова «высшим» на слово «важным» станет, по всей видимости, следствием отказа царской семьи от первоначального намерения воспитывать в Царскосельском лицее великих князей Николая и Михаила Павловичей.
8 августа 1808 года Сперанский был определен «присутствующим» в Комиссию составления законов. Михайло Михайлович воспринял это назначение без особой радости, что хорошо видно из написанного им в то время письма графу Кочубею. «При отъезде князя Лопухина в Киев мне досталась комиссия законов, в которую без чаяния и желания моего определен я членом», — жаловался он. Между тем это назначение Сперанского показывало, что дальнейшая его карьера будет связана с разработкой законопроектов. Каких? В то время это было государственной тайной, известной только императору Александру и его статс-секретарю Сперанскому.
18 августа 1808 года Сперанский был назначен членом Лифляндского комитета, созданного в 1804 году для разрешения вопросов взаимоотношений лифляндских крестьян и помещиков[23].
Приближая к себе Сперанского, Александр I возвышал и графа Аракчеева. 27 июня 1807 года император присвоил генерал-лейтенанту А. А. Аракчееву, занимавшему тогда должность инспектора всей артиллерии, чин генерала от артиллерии. В своем письме к графу государь сообщал, что повышения в чине он удостоился за «доведение до превосходного состояния артиллерии и успешное действие оной» во время войны с Францией. «Примите сие, — заключал Александр, — знаком моей признательности и особенного моего благоволения». Эти слова не оставляли сомнений в том, что Аракчеева ждет новое возвышение. Так оно и случилось: 13 января 1808 года его величество назначил графа Аракчеева министром военных сухопутных сил.
