Украину поделили на полки и сотни. Полковники и сотники имели военную и гражданскую власть, в городах действовало магдебургское право. Полки располагались в Чичирине, Черкассах, Белой Церкви, Корсуни, Умани, Брацлаве, Слуцке, Киеве, Переяславле, Острее, Крапивном, Миргороде, Полтаве, Лубнах, Прилуках, Гадяче, Нежине, Чернигове, Стародубе и Почепе.
В марте 1654 года посольство Б. Хмельницкого в Москве договорилось об условиях, которые определяли внутренний строй Украины и ее отношения к царю – казаки сами избирали гетмана; реестр казаков был установлен в 60 000; гетман сохранял право дипломатических отношений со всеми государствами, кроме Турции и Польши, но с обязательством уведомлять царя, если послы от других стран прибудут с «противным делом». Подтверждались права митрополита и духовенства. Особыми грамотами подтверждались сословные привилегии шляхты и права отдельных городов. Присягнуть Москве отказалось несколько полковников во главе с Иваном Богуном, что сильно мешало Богдану Хмельницкому.
Выдающиеся историки присоединение Украины к России называют по-разному – унией, союзом, конфедерацией, автономией, вассальными отношениями, протекторатом. Оригиналы документов о Пореяславской Раде давно утрачены, сохранились лишь неточные копии и пересказы, частично сфабрикованные и сфальсифицированные вездесущими дьяками. Украина после 1654 года все же осталась отдельным государством под верховным протекторатом царя. Судьба Украины стала неразрывно связана с судьбой России.
С 1654 года прекратились религиозные гонения, а вместе с тем и покушения на полное подавление национальной самобытности украинского народа, который спас себя от политической и национальной гибели. Недаром, спасаясь от польской оккупации, украинцы шли в пределы Московского царства. Господство султанской Турции или шляхетской Польши над Украиной стало бы гибелью для украинского народа. Само Московское правительство считало, что договор с Украиной действовал только на время жизни Богдана Хмельницкого, и возобновляло его с каждым новым украинским гетманом, каждый раз внося в него изменения в свою пользу. Уже в 1655 году некоторые полковники, родственники Выговского и Мазепы, просило царского представителя на Украине В. Бутурлина утвердить их на своих должностях, минуя гетмана. Бутурлин отказался это сделать, но донесения в Москву послал. Потом это было активно использовано московским правительством для достижения своих целей на Украине.
В ответ на решения Переяславской рады весной 1654 года польские войска вышли на Подолье, устроив на украинских землях страшную резню. Пришедшие казацкие полки отбросили поляков. Объединенное русско-украинское войско успешно воевало в белорусских землях, положив начало пятнадцатилетней войны России и Польши. У поляков отбили Смоленск, Оршу, Минск, Могилев, Гродно, Вильно – жители сами открывали ворота освободителям. У Умани польское войско отбросили казаки Ивана Богуна, на помощь которому вышли полки гетмана и стрельцы Бутурлина.
В январе 1655 года недалеко от города Ахматова на Держиполье произошло кровопролитнейшее сражение, начавшееся ночью в лютый мороз. Ненависть сражавшихся была так велика, что дрались даже оглоблями и пленных не брали. Польские войска, поддержанные крымскими татарами, были выбиты с украинских земель.
Осенью 1654 года объединенное русско-украинское войско остановило нападение на Приднепровье крымской орды. Хан встретился с гетманом, угрожая ему за союз с Москвой татарским нашествием. «Война подобна обоюдоострому мечу: полученное Батыем, потеряно Мамаем», – ответил Богдан Хмельницкий.
В 1655 году в Польшу вошли шведские войска, взявшие Варшаву и Краков. Польский король убежал в Силезию, часть магнатов и шляхты признала королем шведа Карла-Густава. В Литве столкнулись интересы России и Швеции, в результате русско-шведской войны 1655–1659 годов ни одна из сторон не одержала победы. Для борьбы со шведами Россия вынуждена была подписать в Вильно соглашение о перемирии с поляками – без участия гетмана. Сам Хмельницкий вел переговоры о разделе Польши со Швецией, Бранденбургом, Трансильванией, Валахией и Молдавией. На Швецию напала Дания и шведские войска ушли из Кракова и Варшавы. Находившаяся недалеко от своего первого раздела Польша успела оправиться и отбила у России занятую ею Литву и белорусские земли.
Многолетние войны на украинских землях привели к запустению многих областей, украинцы «валили» на Левый берег Днепра, пробиваясь с оружием в руках сквозь польские войска – так появились новые города со слободскими полками и сотнями – Харьков, Сумы, Ахтырка, Лебедин, Белополье. Описания переселения сохранились.
Сотник Винницкого полка Иван Фоменко привел в Сумскую область свою сотню и с разрешения московского правительства поселился на древнем городище, в 50 километрах от Сум. Местечко назвали Белополье – так же, как называлось казацкое селение под Винницей. Боярин Г. Ромодановский построил Белопольскую крепость. Высота стен доходила до десяти метров, длина – более двух километров. Крепость была окружена рвом с водой и земляным валом с деревянным острогом с башнями и пятью воротами. Тысячный казацкий гарнизон подчинялся полковнику Сумского казачьего полка. В случае необходимости в Белопольской крепости могли укрыться жители окружающих сел. Впоследствии И. Выговский призывал казаков Слободской Украины ударить в спину своим русским братьям – предателей не нашлось. Историк украинского казачества XIX века Н. Березин писал:
«На левой стороне Днепра население состояло сплошь из переселившихся сюда в разное время малорусов, лично свободных, не делившихся на сословия, осевших на вольных землях, управлявшихся собственными властями под высшим надзором московского правительства. Украинский народ по сю сторону Днепра не только пользовался личной свободой, но каждый, даже последний бедняк, был полновластным хозяином земли, которую он обрабатывал. Налоги и общественности также не угнетали его, потому что управление было чрезвычайно просто – крестьянин не кормил панов, не содержал ни королевского двора с его пышной обстановкой, ни многочисленного войска, ни разных учреждений со множеством должностных лиц. Повинности он покрывал натурой, то есть уделял на это скромную часть своего урожая, или исполнял необходимые работы в свободное время. Плодородная страна оживляется деятельной торговлей и промышленностью. Рядом со старыми селами возникают новые поселки, которые выдвигаются все дальше в степь на юг и на восток по мере того, как эти места делаются безопасными от татар.
Понемногу вся масса малорусского народа стала расслаиваться. Из среды поспольства, то есть крестьян, занятых обработкой земли, и из среды казаков стали выделяться более богатые землевладельцы, которые разными путями стали собственниками крупных имений. Хотя они не пользовались особыми правами и не составляли сословия, но по богатству, по образованию и положению в обществе естественно выделялись в высший слой, образуя как бы дворянство. Из среды этих влиятельных семей неизбежно пополнялась войсковая старшина. Сплошь и рядом этот верхний, господствующий слой населения соглашался пожертвовать в угоду Москве политическими правами, если это не мешало, а помогало его дальнейшему обогащению. В то же время в этой части украинского народа постепенно исчезал старый казацкий дух. От внешних врагов Левобережная Украина пользовалась защитой могущественной Москвы, ее народу не было более надобно отстаивать свою веру, иноверных и нерусских панов не было в ее среде. Естественно, что казачество, которое питалось духом борьбы за народ против этих враждебных ему сил, становилось ненужным. Оно превращалось как бы в сословие, казаки являлись в это время чем-то вроде мелкопоместных или средней руки помещиков».
После смерти в 1657 году Богдана Хмельницкого Польша активизировала свои действия по новому порабощению Украины, и только война с Россией остановила осуществление замыслов шляхты. Русско-украинское войско совместно боролось с польской армией. На Украине начиналась Руина, сопровождавшаяся частой сменой гетманов.
Главным советником нового гетмана И. Выговского стал выпускник Оксфорда и Кембриджа Ю. Немирич. Выговский заключил договор со Швецией, снова договорился о союзе с крымскими татарами, вел переговоры с Турцией, заключил перемирие с Польшей. Московскому послу гетман заявил: «Пусть Великороссия будет Великороссией, Украина – Украиной; мы есть войско непобедимое».
Украина разделилась на два лагеря – почти вся старшина не хотела московского абсолютизма и склонялась к союзу и неизбежному подчинению Польше; казачество, крестьянство и мещане были против возврата польской власти, издевательств шляхты, панщины, религиозных утеснений. Восстали Миргородский и Полтавский полки, поддержанные запорожцами, которых даже не пригласили в Чичирин на выборы И. Выговского. Для борьбы с восставшими Выговский позвал крымских татар, попутно грабивших украинское население. Гетман думал, что победил, но это стало началом его недалекого конца – правителю Украины нельзя безнаказанно уничтожать свободолюбивый народ.