После смерти Иннокентия III кардинал Уголино способствовал избранию новым папой Гонория III, при котором также выполнял функции легата чуть ли не во всех городах Италии, где со свойственным ему пылом добивался поддержки нового крестового похода и заключения мира между коммунами. Выдающиеся личные качества и авторитет способствовали избранию его деканом коллегии кардиналов.
Высокородный граф Сеньи был тверд, бескомпромиссен, энергичен, страстен и обладал несомненным политическим даром. Человек умный и просвещенный, он славился чистотою своей жизни. Имя Григорий было принято им с намерением руководствоваться в своей деятельности заветами Григория VII.
Как и дядя, он был знатоком церковного права и соединял в себе теории великого родственника с настроениями пламенного и мрачного фанатика чистоты католической веры св. Доминика. По характеру политики Григорий IX был полной противоположностью своему предшественнику Гонорию III. Тот даже в делах ереси желал действовать «более убеждением, чем строгостью». Гонорий, правда, иногда произносил отлучения, но с готовностью снимал их; они никогда не служили в его руках орудием угнетения и насилия. Григорий был не таков: он не остановился бы ни перед какими насильственными мерами для торжества воинствующей Церкви. В его душе горело пламя того же огня, что и у Доминика; оно закаляло природную твердость его характера и делало его непреклонным и вызывающим, вплоть до проявления самого крайнего упорства, когда ему противоречили.
При этом его ум не был односторонним. Наряду с уважением Доминика Гусмана он почитал и кроткого Франциска Ассизского, проповедника простоты апостольской жизни. Еще в бытность кардиналом Григорий стал первым протектором ордена францисканцев, взял под опеку основанный Кларой Ассизской орден Кларисс и отстаивал независимость францисканских общин от местных епископов. Папа закрепил за собой исключительное право канонизации и в 1228 г. провозгласил святым Франциска Ассизского (булла «Mira circa nos»), в 1234 г. — Доминика Гусмана (булла «Fons sapientiae Verbum»), признал святыми Антония Падуанского и Елизавету Тюрингскую. Культ этих святых пользовался в Средневековье необычайной популярностью.
Покровительствуя развитию университетов, Григорий разрешил изучение Аристотеля, особенно в Парижском университете, которому буллой «Parens scientiarum» (1231) даровал право на автономию и различные привилегии. В 1234 г. папа утвердил пять книг декреталий, дополнявших Декрет Грациана и составивших часть канонического свода Католической церкви — «Corpus juris canonici», — действовавшего до 1917 г.
В характере этого гордого и неуступчивого старика было мало места мягким человеческим чувствам. Он посвятил себя беспощадному противоборству с любыми новшествами, которые стали появляться в католическом мире. В силу эдиктов Григория IX выслеживание еретиков становилось высшей обязанностью гражданина; каждый публичный или частный разговор о каком-нибудь догмате наказывался отлучением, как за преступление. Григорий так закалился в этой борьбе, что сделал своей страстью истребление инакомыслящих. Железный старец обладал несокрушимой энергией, и годы только закалили его религиозный фанатизм и развили деспотическую жестокость.
При вступлении на папский престол он преследовал две цели. И та и другая были одинаково дороги ему: поднять императора Фридриха против сарацин Святой земли и короля французского — против еретиков-альбигойцев.
Один из авторов инквизиции, он с нечеловеческой жестокостью пустил в ход свое любимое детище, и с 1233 г. закрепил повсеместное распространение трибуналов, массами сжигая еретиков. Отыскание и уничтожение инакомыслящих объявлялось главной обязанностью светской власти; еретики передавались ей для казни или тюремного содержания. Буллой 1239 г. Григорий предписал всем правителям христианского мира изымать у евреев экземпляры Талмуда.
Встретив сопротивление императора Фридриха II, он поставил главной задачей папского государственного искусства искоренение могущества Гогенштауфенов.
Ни один император не был столь близок к созданию единого германо-итальянского королевства, как Фридрих II, неограниченный монарх Сицилии. Но в лице нового понтифика император нашел достойного противника. Близко зная Фридриха и не доверяя ему, Григорий был готов на крайние меры.
Исполняя обещание, данное еще Гонорию III, Фридрих отправился наконец в Святую землю на корабле из Бриндизи, но почти сразу вернулся из-за внезапно вспыхнувшей эпидемии. Папа, не слушая объяснений, отлучил его от Церкви и проклял как безбожника и клятвопреступника. Сама манера, в которой папа заклеймил тяжелобольного и отверг предложенное церковное покаяние, позволяла понять, что речь шла не о крестовом походе, а об ощутимом унижении ставшего слишком могущественным императора.
Властолюбием, нетерпимостью, неприкрытой ненавистью к императору Григорий сам толкнул оппозицию к созданию сильной антипапской партии. В нее вошли представители наиболее влиятельных аристократических фамилий Рима. Фридрих перестал ограничивать себя в средствах борьбы. Он отменил акты, согласно которым Римской церкви были уступлены Анконская марка и владения Матильды. По его наущению гибеллинская партия, руководимая семьей Франджипани, подняла бунт в Риме. На Пасху 1228 г. Григорий IX, оскорбленный толпой в храме Св. Петра, вынужден был бежать из города и нашел приют в Перудже.
Не озаботившись согласовать действия с Папской курией, Фридрих возобновил экспедицию в Св. землю на следующий год.
18 февраля 1229 г. он дипломатическим маневрами добился передачи Иерусалима христианам. Они получали также Вифлеем, сухопутный коридор до Яффы, Назарет и часть Галилеи, включая крепости Монфор и Торон. В самом Иерусалиме лишь Храмовая гора с Собором на Скале и мечетью аль-Акса оставались открытыми для мусульман, желающих там помолиться. Таким образом, цель, стоившая Европе тысяч жизней ее доблестных рыцарей, была достигнута без единой капли крови. Однако в результате этой бескровной победы престиж Фридриха в глазах Церкви не только не укрепился, а даже упал, поскольку он не озаботился получить папское благословение. За самоуправство понтифик проклял его во второй раз. Народы услышали проповедь крестового похода против императора, который сам под знаменем креста отправился воевать с неверными. Они увидели войска, занимавшие от имени папы земли отсутствующего Фридриха, имущество которого, как крестоносца, и по международному, и по церковному праву должно было почитаться неприкосновенным. Такое расхождение слова и дела ослабляло веру в искренность рвения пап к освобождению Иерусалима и уничтожало мечту двух столетий.
1 февраля 1230 г. Тибр вышел из берегов. Это было одно из самых страшных наводнений, пережитых Римом. Римляне, которые во время долгого изгнания папы почти забыли о нем, теперь под влиянием суеверного страха вспомнили о его обязанностях правителя. В Перуджу, где папа держал свой двор, спешно отправились гонцы. Возвратившись, Григорий повелел восстановить сенаторский мост, очистить клоаки, подвозить хлеб; приказал раздавать народу деньги, построил богадельню в Латеране.
Между Римом, Фридрихом и папой, благодаря миротворческой деятельности Германа фон Зальца, великого магистра Тевтонского ордена и личного друга императора, 23 июля 1230 г. в Сан-Джермано был заключен мир. Условия мира были выгодны для папы. Скрыв обоюдную ненависть, два правителя вели любезные разговоры за общей трапезой в фамильном дворце Конти. После заключения соглашения Григорий IX писал: «Император встретил Нас с сыновьей преданностью; мы любовно беседовали, и Я убедился, что он готов всеми средствами выполнять Наши указания и желания во всех делах». Однако, несмотря на дружественные заверения, они расстались с убеждением, что в Италии им обоим тесно. Один из них намеревался восстановить старинное могущество империи, а другой продолжал утверждать, что всемирная власть принадлежит Святому престолу.
По своей натуре Григорий был не способен к компромиссу и примирению. Он был рожден для борьбы и кровавых предприятий. На первосвященнический престол такие люди приносили мирские страсти. Он не хотел умереть, не вернув папство и Церковь в то положение, какое они занимали при Гильдебранде. Он боролся во имя прошлого, не брезгуя никакими средствами, и обнаружил в себе замечательные силы. В Западной Европе ему не хватало простора. Григорий горячо приветствовал миссионерскую деятельность новых монашеских орденов, в частности в Прибалтике. В 1232 г. папа отправил легатом в область, включавшую Готланд, Курляндию и Семигалию, цистерцианца Балдуина Альнского с предписанием руководить светскими делами новообращенных христиан: контролировать заключение перемирий и выплату чинша. В Ливонию и Курляндию с миссиями были посланы монахи из ордена премонстратов.
