После решения основной задачи — отлучения императора — можно было перейти к другим темам, в том числе теоретическим. Иннокентий внёс определенный вклад в теорию права, выдвинув идею о том, что корпорации являются «фиктивными лицами». Отвечая на вопрос о том, можно ли отлучить от Церкви корпорацию, папа заявил, что всякое отлучение распространяется на душу и совесть и что поэтому не могут быть отлучаемы от Церкви корпорации, у которых нет ни души, ни совести, ни воли, ни сознания и которые являются лишь отвлеченными понятиями (nomen intellectuale), правовыми наименованиями (nomina sunt juris), фиктивными лицами (persona ficta). Так впервые была сформулирована фикционная концепция юридического лица, имевшая большое практическое значение для своего времени.
В Италии известие о низложении императора была оставлено практически без внимания. Однако в Германии благодаря деятельности направляемых папой нищенствующих орденов, агитирующих против «антихриста», враги Гогенштауфенов приободрились. Они избрали антикороля Генриха Распе, а после его смерти — Вильгельма Голландского. Однако эти марионеточные короли не обладали ни властью, ни авторитетом, а у императора имелся законный наследник Конрад IV, поддерживаемый сильной партией.
Император не оставил без ответа решение Собора. В циркулярной ноте к князьям и государям он опроверг возведенные на него обвинения в еретичестве и смертных грехах и заимствовал у еретиков оружие, которого Западная церковь более всего опасалась. Он указал на извращение деятельности духовенства и на слишком большое увлечение Церкви мирскими делами, ее заботе, главным образом о накоплении громадных богатств. Он, не стесняясь, говорил о том, что всегда намеревался и теперь считает необходимым низвести духовенство до смирения, в каком некогда пребывали апостолы и вся ранняя Христианская Церковь.
И здесь Фридрих нашел поддержку, откуда не ждал. Доминиканец по имени Арнольд выступил с двумя сочинениями в поддержку реформы Церкви, в которых называл Иннокентия IV подлинным Антихристом, а Фридриха — его «праведным гонителем, защитником истинной Церкви».
Людовик Французский с отвращением наблюдал за войной между «двумя мировыми столпами». Полный религиозного пыла король, одержимый стремлением освободить Святую землю, пламенно желал мира в Европе. Кроме того, ему претила мысль о низложении помазанного монарха. Он решительно не одобрял поведение папы и обратился к нему с просьбой отменить лионское решение. Во Франции многие бароны вступили в союз для защиты от посягательства Церкви на светские права. Герцог Бургундский и граф Бретонский заявили, что они требуют обратно отнятую у них клиром судебную власть и настаивают на возвращения разбогатевшего вследствие своей алчности духовенства к бедности первобытной Церкви.
Одновременно и английское духовенство высказало папе свое неодобрение.
Иннокентий оказался в сложном положении. Ему не хотелось иметь в числе своих врагов, наряду с империей, Францию и Англию. Но не мог же он пойти на попятную. Летом 1245 г. Иннокентий заявил, что примет решение на Пасху 1246 г.
Отсрочку папа вытребовал не зря: время, отведенное на размышления, он посвятил организации покушения на жизнь Фридриха. В заговоре участвовали ближайшие соратники императора во главе с зятем папы, Орландо ди Росси. Заговорщики должны были умертвить Фридриха, его сына Энцио и зятя Эдзелино ди Романе Одновременно Райнеро Витербский планировал захватить Сицилию. Но, как всегда, нашлись предатели. Переворот Иннокентия не удался. Однако папа и его сторонники не оставили своих замыслов. Гвельфы под началом Орландо ди Росси захватили верную императору Парму (1247). Им на помощь Иннокентий послал старого врага Фридриха, военачальника и легата Григория Монтелонго. В конечном итоге именно Монтелонго способствовал разгрому под Пармой, самому тяжкому поражению императора. Исправить впечатление не помогла и гибель в ходе военных действий Орландо ди Росси, по словам Фридриха, «нашего отъявленного давнего предателя, альфы и омеги враждебной нам партии», которого буквально рассекли на части.
Иннокентий организовал новое покушение на жизнь императора. Подкупленный папским легатом личный врач Фридриха приготовил для него отравленную микстуру, и только стечение обстоятельств спасло жизнь пациента. Врач сознался во всем и выдал бумаги, подтверждающие ведущую роль папы. В манифесте, изданном императором, тот рассказывал об этом злодействе святого отца и заявлял о своем намерении «дать нашей матери Церкви более достойного руководителя».
Общество глубоко потрясла попытка папы отравить Фридриха. Авторитет понтифика опасно пошатнулся. Людовик Французский отправил из Акры к папе своего брата с требованием заключить мир с Фридрихом, ибо только его влияние на Востоке могло спасти Гроб Господень. В противном случае король грозил изгнать Иннокентия из Лиона.
Нечеловеческая ненависть Иннокентия к Фридриху II осталась в веках. Один из современников борьбы папы и императора замечал, что, перечитав множество летописей, он нигде не нашел такой упорной, такой ожесточенной злобы. Понтифик не собирался менять свою политику, недвусмысленно заявив одному из приближенных кардиналов: «Не бывать тому, что подобному человеку или его змеиному отродью и далее будет оставлен скипетр правления христианским народом!»
Иннокентий в 1249 г. придал кардиналам, выбирающим папу, особое положение. Они получили преобладание над епископами и архиепископами и даже патриархами. В знак отличия папа даровал им знаменитую «красную шапку». Скоро все облачение кардиналов стало красного цвета — так называемый «пурпур кардиналов».
Противостояние между «двумя мировыми столпами» вступило в решающую стадию, но 13 декабря 1250 г., в разгар борьбы, Фридрих умер. Глава Римской церкви с торжеством, мало подобающим наместнику Христа, восклицал по этому случаю: «Да возрадуются небеса и пусть трепещет от восторга вселенная!»
Владение империей и одновременно итальянскими землями погубило Фридриха II. С одной стороны, итальянские города, с которыми он боролся, возненавидели его как немца и как тирана и сплотились вокруг Св. Престола. С другой — могущественные князья Германии стремились сделаться самостоятельными государями и желали падения императора-итальянца.
Смерть и завещание Фридриха возвратили Церкви многие ее права, но не удовлетворили папскую курию, которая теперь стремилась стереть с лица земли весь штауфенский «род еретиков и антихристов». Войска папы под предводительством воинственного Райнеро Витебровского безжалостно вырезали отряды немцев, находившихся в Центральной Италии. Иннокентий IV не признал сына Фридриха Конрада IV германским королем и организовал покушение на его жизнь. Только благодаря недоразумению молодой Гогенштауфен избежал удара кинжалом, нацеленного клириками, но были убиты его внебрачный сын вместе с матерью.
19 апреля 1251 г. Иннокентий вернулся в Италию, но увидел совсем не ту страну, которую он покинул. С горечью он должен был признать, что великая цель Гильдебранда и Иннокентия III — привести весь итальянский полуостров под пастырский жезл св. Петра — оказалась недостижимой. Папа отправился дальше в Перуджу, чтобы собрать силы для покорения Вечного города и в октябре 1253 г. вошел в Рим. Там он, однако, продержался недолго: вскоре его изгнали восставшие горожане.
Угрожая папе, Конрад Гогенштауфен завоевал почти всю Южную Италию. Он уже планировал двинуться на север, чтобы навести порядок в Германии, когда 21 мая 1254 г. умер в военном лагере на границе Апулии. Иннокентий тут же пустил слух, подхваченный гвельфами, о том, что брата погубил побочный сын Фридриха, Манфред, приказав своему приспешнику-врачу поставить несчастному отравленный клистир. Лишь после смерти Конрада IV Иннокентий признал королем Сицилии его сына Конрадина под опекой дяди Манфреда. Обращение Елизаветы Баварской, вдовы Конрада IV и матери Конрадина, с просьбой принять мальчика под свое покровительство — аналогичное тому, с каким пятьюдесятью годами ранее к Иннокентию III обратилась Констанция Отвильская, — папа презрительно отверг.
С несгибаемым упорством Иннокентий стремился отобрать у наследников Фридриха II Южную Италию и Сицилию. Считая себя сюзереном этих территорий, он последовательно предлагал их братьям Людовика IX и английским принцам. Но Ричард Корнуэльский, Карл Анжуйский и Эдмунд Ланкастер один за другим отказались от нее, опасаясь трудностей вооруженной борьбы с Манфредом.
Понтифик считал возможным вмешиваться в семейные дела королей: рассматривая матримониальный союз Арагона и Сицилии как политическую угрозу для Папской области, он отказался благословить брак наследника арагонского престола принца Педро с дочерью Манфреда Констанцией.
