В эти годы Крашенинников много работает над закладкой нового сада. Следуя устным указаниям Канцелярии, Крашенинников и ботаник Гобенштройт «осмотрели места здешнего Васильевского острова» и в рапорте указали, что «способнейшего к тому места сыскать не можно, как кадетский огород, который за Малою перспективою, между 7-й и 9-й линиями находится, ибо там по обширности места можно быть саду и строению, не постыдному Императорской Академии наук, к тому же и земля там плодородна и вода внутри саду». Но на это место Васильевского острова сад перенесён не был.
Крашенинников стремился поддерживать связи с крупными учёными, и поэтому он пишет письмо самому Линнею. Именитый ботаник прислал незамедлительный ответ: «Славнейшему мужу, достойному Степану Крашенинникову, Петербургскому профессору ботаники и натуральной истории шлёт нижайший привет Карл Линней. Любезное твоё письмо от 7 декабря я получил, славнейший муж, я очень благодарен тебе за него, а так же за присланные гербарии, особенно за твою лунарию...» Таким образом, нам открылась ещё одна связь, и проявился новый узор бесконечных арабесок ботаники.
Известно, что М.В. Ломоносов относился к С.П. Крашенинникову с большой любовью. Именно он рекомендовал к опубликованию главный труд Крашенинникова — «Описание земли Камчатской». В октябре 1751 года он писал в Канцелярию Академии наук: «Присланную ко мне сентября 24 дня при ордере книгу, сочинённую профессором Крашенинниковым, называемую “Описание земли Камчатской” свидетельствовал, которую признаю за достойную напечатания ради изрядных об оной земли известий».
Свои ботанические исследования Крашенинников проводил и в окрестностях Санкт–Петербурга. В одном из документов, датированном 1749 годом, он испрашивает у Канцелярии четырёхвёсельную лодку с рабочими, которые бы могли носить «собираемые травы и выкапываемые для саду коренья», из чего мы видим, что он организовывал поисковые экскурсии не только для изучения растений в природе, но сбора живых экземпляров для пополнения коллекции.
Ботанические исследованияПосле отъезда Гмелина в Германию (1749) оборвалась связь между первыми ботаниками Петербургской Академии. Однако Крашенинников уже не нуждается в опеке и наставниках. С 1750 года он сам становится полноправным членом Академии.
В 1752 году Крашенинников предпринял новое путешествие. Свидетельством тому является рапорт в Канцелярию Академии наук, в котором был намечен маршрут его экспедиции. «Намерен я, — говорится в рапорте, — для ботанических обсерваций ехать отсюду до Шлюшенбурга и от Шлюшенбурга по Ладожскому каналу до старой Ладоги и до Новгорода. Того ради Канцелярию Академии покорно прошу, чтоб о пропуске меня, переводчика Щепина и будуче при мне людей повелено дать пропуск на один из перевозных щерботов с бечевою и мачтою, а людей при нас четыре человека работников, которые будут тянуть бечевою, двое из Ботанического сада и двое из истопников гимназических, да один гимназист из сирот. Профессор Степан Крашенинников».
На этот рапорт И.–Д. Шумахер накладывает длинную, но разрешающую резолюцию, и Крашенинников получает возможность изучить растения Ингерии. «Понеже, — говорится в резолюции, — при Академии давно принято намерение о сочинении исследования и описания зверям, травам и камням, рудам и прочего в Российской Империи обретающемуся, которое исследование в некоторых провинциях произведено, а в других поныне не учинено и как оное дело есть нужное, полезное и достохвальное, которое без продолжения оставить никак не возможно и для того в Канцелярии Академии наук определено: к продолжению того назначить профессора ботаники господина Крашенинникова, чтоб он в нынешнее время, сколько возможно допустит, начало описания растущих трав в Ингерманландии определил и оное бы описание сочинил наподобии учинённого им Камчатского описания, а для вспоможения придан ему быть имеет переводчик Щепин и некоторые ученики, о чём оному господину профессору Крашенинникову и объявлено в Канцелярии».
Сия витиеватая резолюция, по сути, техническое задание на изучение природы северо–востока России, что Крашенинников и выполнил. В августе следующего года он докладывал в Канцелярию, что им собрано более 500 видов разных трав.
9 февраля 1755 года он опять подаёт рапорт — о необходимости путешествия в Малороссию и Новороссию: «Известно Канцелярии Академии наук коим образом чужестранные любопытные люди требуют от нас трав и семян нашего столь пространного государства, отчего зависит честь Академии в рассуждении ботаники». Но профессору Крашенинникову, к сожалению, уже не удалось осуществить эту поездку. 25 февраля того же года лекарь Академии Иберкамф пишет короткий рапорт: «Сего февраля 25 числа по утру в седьмом часу ведомства Академии наук господин профессор Степан Крашенинников Волей Божию умре и о сём Канцелярии Академии наук рапортую».
Причина смерти остаётся и доселе не известной. Можно только предположить, что неожиданная кончина эта — следствие не хронических заболеваний, поскольку профессор ещё две недели назад был здоров и строил планы на будущее.
Архивариусом И. Стафенгагеном был составлен реестр оставшихся после смерти С.П. Крашенинникова рукописей, которые поступили в Архив. Там было и полностью законченное сочинение «О растениях Ингерии», содержащее 506 видов. По всей вероятности, эта рукопись осталась бы лежать в Академическом архиве, быть может, лишь время от времени привлекая внимание историков науки, как свидетельство деятельности первого русского профессора ботаники и как первая региональная флора нашего отечества.
Однако сочинение профессора Крашенинникова счастливо увидело свет и самым действенным образом послужило науке. Это произошло благодаря почётному члену Академии лейб–медику Давиду Гортнеру, который прибыл в Санкт–Петербург 12 сентября 1754 года и был очарован природой вокруг российской столицы: «... обошёл облесённые берега Невы, окрестные луга и поля, увидел растения, там обитающие, из которых многих не видел у себя на родине и был охвачен желанием тщательнее их исследовать. Но так как в это время флора, готовая ко сну, уже слагала свои венки, стремление мое было подавлено до следующей весны. Между тем я был очень сильно обрадован, когда через короткое время из Архива Академии мне была сообщена копия рукописи книги о растениях Ингерии, которую покойный Крашенинников представил незадолго до смерти».
Здесь приведены собственные слова Гортнера из предисловия к книге «Флора Ингерии». На самом деле всё было несколько иначе. Сам президент Академии К.Г. Разумовский передал для доработки и подготовки к печати ему почти законченную рукопись Крашенинникова, а когда Г.–Ф. Миллер обратился к Гортнеру с просьбой вернуть рукописи, тот ответил категорическим отказом.
В 1761 году Гортнер обратился в Академию с ультимативным требованием немедленно напечатать обработанные им ботанические описания Крашенинникова, грозя в противном случае увезти все материалы в Голландию и там их опубликовать, разумеется, под своим именем.
Академическая конференция постановила передать работу Гортнера на рассмотрение и заключение академика И.Т. Кельрейтера. В материалах Канцелярии Академии наук сохранились доношения академика Миллера о предъявленном требовании Гортнера и постановление канцелярии Академии наук о напечатании его книги, а также очень обстоятельный отзыв академика Кельрейтера.
С самых первых строк этого отзыва чувствуется, что вокруг работы С.П. Крашенинникова создалась атмосфера недоверия к его авторству. Кельрейтер сразу же оговаривает свою полную беспристрастность в этом вопросе, так как он лично никогда не знал Крашенинникова и возможность судить только его работы. «В Академии существует мнение, — писал он, — что Крашенинников не является единственным автором “Флоры Ингерии” и что до него над ней работали акад. Амман, Сигезбек и Буксбаум. Более того, говорят, что он работал над этим трудом так же мало, как и напечатанной в “Коментариях” статьёй, которую написал ему Гмелин. Я хорошо знаю, с какою тщательностью занимался Гмелин со своими учениками, но, тем не менее, я не могу присоединиться к этому мнению, позорящему первого русского ботаника. За всё моё пребывание в Академии мне не приходилось видеть ни одной рукописи названных выше учёных, трактующих эти вопросы, я искал и не находил их в академическом Архиве. Кто может сомневаться в том, что Крашенинников был в силах написать такой труд. Не сделал ли он с этой целью путешествие по всей Ингерманландии, собрал растения, описал их, указал местонахождение и присоединил к описанию свои наблюдения и замечания. Я утверждаю, что способ описания растений единообразен во всей рукописи. Манера Гмелина мне очень хорошо известна и совершенно отлична от этой работы. Ещё менее вероятно приписывать эту работу Сигезбеку, Амману или Буксбауму — так как их работы отличаются от крашенинниковской, как по манере, так и по употребляемым ими специальными терминами, которых нету у Крашенинникова, как у учёного новой, гмелиновской школы. Сам Гмелин почти совсем не бывал в этих местах. Можно ли, наконец, предполагать, чтобы Крашенинников проявил такую дерзость и напечатал бы под своим именем статью Гмелина».
