Тем временем истребительный авиаотряд 4-й АГ тоже не сидел без дела. Кроме обеспечения ПВО Рабаула, его истребители базировались на передовые аэродромы в Суруми (Цуруми) и Гасмата на южном побережье острова Новая Британия, перехватывая неприятельские разведчики. Так уже 11 февраля истребители авиагруппы заявил о сбитии трех австралийских бомбардировщиков Локхид «Хадсон».
8 марта 1942 г. японские войска высадились в посёлке Лаэ на восточном побережье Новой Гвинеи. Союзники не смогли помешать высадке, но утром 10 марта самолёты с авианосцев «Лексингтон» и «Йорктаун» нанесли мощный удар по кораблям в районе Лаэ. Сила удара и отсутствие истребительного прикрытия привели к тому, что потери японцев были крупнейшими в этом районе с начала войны: 3 транспорта и 1 мобилизованный тральщик потоплены, 1 лёгкий крейсер, 1 минный заградитель, 1 мобилизованный гидроавианосец и 1 транспорт повреждены. Японское командование решило больше так не рисковать, и уже 11-го числа в Лаэ были переброшены 7 А6М из 4-й авиагруппы.
При этом истребители также продолжали активно прикрывать действия бомбардировщиков авиагруппы: например, 14 марта 8 G4M под эскортом 12 А6М атаковали аэродром на острове Хорн у северо-восточной оконечности Австралии. Их пытались перехватить 9 истребителей Р-40 из состава 7-й истребительной эскадрильи 49-й истребительной авиагруппы ВВС Армии США. В завязавшемся бою американцы не смогли помешать бомбёжке аэродрома — на земле был уничтожен один «Хадсон» и сожжён топливный склад. Зато в воздушном бою они смогли сбить два японских истребителя (пилоты погибли), причём один из них, скорее всего, был сбит тараном младшего лейтенанта Хауза. В ответ японцы повредили 4 истребителя, плюс Хаузу пришлось идти на вынужденную после того, как его истребитель лишился куска крыла, а ещё один подбитый истребитель (младшего лейтенанта Стенфорда) утонул из-за того, что пилот потерял ориентировку и потратил всё топливо на полёт «в никуда». Что удивительно, 7-я эскадрилья не потеряла убитым ни одного пилота — даже заблудившегося Стенфорда спасли туземцы. Обе стороны преувеличили свои победы: японцы заявили о 6 Р-40, сбитых «точно», и ещё 2 — «вероятно», а американцы о 4 сбитых истребителях и 1 бомбардировщике.
Действовали истребители и самостоятельно. Например, 13 марта 5 истребителей провели штурмовку Порт-Морсби. А 20 марта они штурмовали аэродром в Порт-Морсби, называвшийся Севен Майл. По невероятному стечению обстоятельств, в этот день на аэродроме ждали прибытия новых истребителей Р-40. Поэтому толпа на земле радостно приветствовала японские истребители, пока те не открыли огонь, что позволило японским лётчикам отстреляться без потерь. К счастью, потери на земле были небольшими. Зато, когда на следующий день обещанные Р-40 (из 75-й эскадрильи Королевских Австралийских ВВС) таки прилетели, их встретил шквал зенитного огня с земли, повредивший 4 самолёта, причём 2 из них — серьёзно. Впрочем, уже на следующий день австралийские лётчики «отблагодарили за шутку» японцев, проштурмовав аэродром в Лаэ. При этом 4-я АГ лишилась 13 истребителей, 12 из которых были уничтожены на земле и 1 — в воздухе. Два А6М, возвращавшихся из патруля, не смогли помешать штурмовке, но смогли в отместку сбить два Р-40 (пилот одного из них уцелел). Позднее аэродром атаковали 2 австралийских «Хадсона»: вреда их бомбы не причинили, но бортстрелки сбили ещё один А6М. Так за один день истребительный отряд 4-й группы также понёс тяжелейшие потери.
1 апреля 4-я АГ была реорганизована. Теперь в её составе оставались только базовые ударные самолёты, а истребительный авиаотряд был передан в состав истребительной авиагруппы «Тайнань». Теперь по штату 4-й АГ полагалось 48 базовых ударных самолётов, из них 36 — операционно пригодные. Стандартная тактическая организация насчитывала четыре эскадрильи. Такую организацию и штатный состав авиагруппа формально сохранила до конца своего существования. Реальность была куда более печальной: в начале апреля 1942 г. в составе 4-й авиагруппы было всего 16 ударных самолётов Тип 1, из которых свыше половины нуждалась в ремонте.
Также 1 апреля 1942 г. для руководства действиями авиации в юго-восточной части Тихого океана был сформирован штаб 25-й воздушной флотилии (командующий — контр- адмирал Ямада Садаёси), которому и была переподчинена 4-я авиагруппа.
Реорганизация не сказалась на действиях 4-й АГ, продолжавшей действовать, в основном, против главного фортпоста Союзников на Новой Гвинее — Порт-Морсби. Так, 5 апреля 7 её G4M1 под прикрытием 4 А6М атаковали аэродром в Порт-Морсби. Лётчики 75-й эскадрильи сбили один вражеский истребитель, но не смогли помешать ударным самолётам отбомбиться по аэродрому, уничтожив ценные запасы авиабензина и боеприпасов.
Но апрельские атаки Порт-Морсби были только прелюдией к операции «МО» — морскому десанту с целью его захвата. Для этого японцы сосредоточили достаточно мощную корабельную группировку, включавшую, среди прочего, авианосца: «Сёкаку», «Дзуйкаку» и «Сёхо». К счастью, американская разведка смогла расшифровать японские радиограммы и точно определить цель новой японской операции. Поэтому в Коралловом море японцев приготовилась встретить группировка кораблей США и Австралии, включавшая авианосцы «Лексингтон» и «Йорктаун».
В последовавшем с 4 по 8 мая 1942 г. сражении, известном, как Битва в Коралловом море, Союзники смогли сорвать планы японцев и даже потопить малый авианосец «Сёхо». Правда, за это им пришлось заплатить гибелью авианосца «Лексингтон». При этом надводные корабли противников ни разу не вступали в контакт друг с другом — сражение вела только авиация. Поразительно, но, имея в Рабауле достаточно мощную (по тем временам) группировку базовой авиации, усиленную гидросамолётами-разведчиками (с гидроавианосцев и крейсеров) на передовых базах, японская базовая авиация показала себя не с лучшей стороны. Надежда, что базовая авиация обеспечит качественную разведку флоту (и в первую очередь авианосцам) не оправдалась: в течение всего сражения японцы имели проблемы с обнаружением противника, и даже при его обнаружении донесения лётчиков часто были неточными.
Однако донесение гидросамолёта с крейсера «Фурутака», полученное в Рабауле 7 мая в 08.30, было точным — он действительно обнаружил вражеские корабли. И 12 ударных самолётов Тип 1 из состава 4-й авиагруппы под командованием капитан-лейтенанта Кобаяси Кунихару, вооружённых торпедами, были подняты в атаку. Их прикрывали 11 истребителей Тип 0. Также в атаку пошли 19 ударных самолётов Тип 96 (G3M) авиагруппы «Гензан», вооружённые бомбами. Но время шло, а японские лётчики всё не могли найти вражеские корабли. Получив дополнительные уточнения разведданных из Рабаула, требовавшие поиска в новом районе, капитан-лейтенант Кобаяси решил не рисковать своими истребителями и отправил их назад в Рабаул — если бы они и дальше летели вместе с ударниками, им бы не хватило топлива на дорогу домой. И вот именно эти истребители на обратном пути наткнулись на американо-австралийское соединение (2 тяжёлых и 1 лёгкий крейсер, 3 эсминца) под командованием английского контр-адмирала Крейса. Оповещённые об этой встрече командиры обеих ударных групп пошли на перехват.
Казалось, 4-я АГ наконец-то сможет отомстить за разгром 20 февраля: соединение контр-адмирала Крейса не имело истребительного прикрытия, а у японцев было целых две группы ударных самолётов, способные атаковать одновременно и бомбами, и торпедами. Но и тут 4-й АГ не повезло. Зенитный огонь с кораблей был необычайно точен: открыв огонь с дистанции около 6000 метров, корабли Союзников одним из первых залпов сбили два торпедоносца, среди них самолёт капитан-лейтенанта Кобаяси. Японский строй развалился, и атаку они производили мелкими группами. Но, потеряв в процессе атаки ещё две машины, лётчики 4-й авиагруппы не добились ни одного попадания.
Торпедоносцы 4-й АГ атакуют крейсер «Австралия», 7 мая 1942 г Справа от крейсера на воде, скорее всего, рухнувший в воду торпедоносец
