В феврале 1944 года 20./JG 1 переименовали в 1./JG 400. Командиром эскадрильи стал капитан Роберт Олейник.
1 марта 1944 года Олейник вместе с группой из 12 пилотов прибыл в Виттмундхафен. В конце марта 1,/JG 400 получила первую «Комету», вооруженную пушками МК 108. Примерно месяц спустя эскадрилья совершила первый боевой вылет. 21 апреля 1944 года Олейник вылетел на «Комете» с бортовым номером «16». На высоте около 300 метров двигатель внезапно замолчал. Попытка аварийной посадки закончилась взрывом и пожаром. Олейник с переломами ребер и контузией головы попал в госпиталь. Самолет полностью сгорел.
В апреле 1944 года в Ораниенбурге также на бумаге сформировали 2./JG 400, которую возглавил капитан Отто Бёнер. 10 мая 1944 года формально обе эскадрильи располагали по 12–14 самолетов. В этот день 2-я эскадрилья перебазировалась на аэродром Венло в районе голландско-немецкой границы.
13 мая 1944 года капитан Вольфганг Шпете совершил первый полет на Me 163B. Механики целиком выкрасили машину (V41, PK+QL) в красный цвет, что должно было символизировать возрождение традиций «красного барона» фон Рихтгофена. Шпете вылетел на перехват истребителей Р-47 Thunderbolt, обнаруженных радаром «Wuerzburg», однако из-за проблем с мотором был вынужден вернуться на базу. В период между 13 и 20 мая 1944 года на аналогичные задания вылетал капитан Рудольф Опиц из ЕК 16. На Me 163 (V35, BH+IN) он безуспешно пытался перехватить двухмоторный разведывательный самолет противника. 20 мая 1944 года другой пилот ЕК 16, обер-фельдфебель Нельте на Me 163 (V40, W.Nr. 310048) также безуспешно охотился за союзническим самолетом. Тем временем, В. Шпете покинул ЕК 16 и вернулся на Восточный фронт в свою часть — IV./JG 54.
Me 163 VF 241, на котором летал Э. Браун.
Шпете был сторонником идеи создать вдоль обычных маршрутов союзнических бомбардировщиков цепи аэродромов для Me 163. Это позволяло бы непрерывно атаковать противника во время его полета к цели. Учитывая ограниченный радиус действия «Кометы», это было логичным решением. После ухода Шпете эта идея лишилась своего горячего сторонника и победу одержала другая концепция, концентрирования «Комет» на одном аэродроме. Главным ее сторонником был полковник Гордон Голлоб.
Летом 1944 года капитан Опиц участвовал в демонстрации «Кометы» иностранным делегациям: японской и итальянской. Там же присутствовал и Герман Геринг. Капитан Олейник доставил Me 163 в Виттмундхафен, откуда по морю машину перевезли в Рехлин.
ЕК 16 продолжали преследовать неудачи. Англичане, сфотографировав Бад-Цвишенан, 30 мая 1944 года провели налет на аэродром. В результате два Me 163 были уничтожены (в том числе одна боевая машина), а две другие «Кометы» получили повреждения. Кроме того, была полностью разрушена взлетно-посадочная полоса аэродрома. Капитан Тони Талер, который возглавил ЕК 16 после убытия на фронт Шпете, 7 июня приказал перебазироваться. Лишь спустя несколько недель аэродром снова можно было использовать. Тем временем, 31 мая Me 163 из 1./JG 400 пытался безуспешно перехватить над Лейпцигом одиночный «Спитфайр», шедший на высоте 12000 метров. 26 июля фельдфебель Хорст Ролли из 2./JG 400 повредил при посадке в Венло свой Me 163B (W.Nr. 440009).
В конце июля — начале августа 1944 года полковник Голлоб начал претворение в жизнь своего плана по концентрации «Комет». По его приказу обе эскадрильи JG 400 перебазировались в Брандис в районе Лейпцига. В их задачу входила защита завода синтетического бензина в Лейне. Условия на аэродроме были трудные. Короткая ВПП и необходимость хранить бочки с топливом рядом с железнодорожным путем добавляли головной боли. На базе I./JG 400 (капитан Фульда) и 2.1 JG 400 сформировали 1-ю группу (I./JG 400), которую возглавил капитан Олейник.
28 июля 1944 года в рапорте американского генерала Уильяма Э. Кепнера появляется информация об обнаружении крупной группировки «Комет». Немецкие самолеты были замечены в воздухе в районе Брандиса. Утром того дня на аэродроме в Брандисе находились в боевой готовности дежурные пилоты из I./JG 400. Среди них был фельдфебель Зигфрид Шуберт, фельдфебель Г. Рюлль, фельдфебель Рольф Глогнер, лейтенант Ганс Ботт и еще трое пилотов. Они ожидали приказа вылететь на перехват формации «летающих крепостей». В 9:40 такой приказ поступил и «Кометы» поднялись в воздух на перехват бомбардировщиков из 3-й, 4-й, 96-й, 388-й и 452-й бомбардировочных групп, сопровождаемых «Мустангами» из 359-й истребительной группы. Пилоты бомбардировщиков доложили командиру 359-й истребительной группы, полковнику Эвелину П. Такону-младшему о появлении в воздухе самолетов противника. Такой направил свои «Мустанги» на перехват. В противнике он опознал реактивные истребители, скорость которых он определил в 700–800 км/ч. В огневой контакт немецкие пилоты не вступили. Учитывая скорости В-17 и Me 163 от немецких летчиков требовалась нечеловеческая реакция. На прицеливание и стрельбу с дистанции 600 метров они имели всего 4 секунды, а на дистанции 200 метров в их распоряжении было всего 1,5 секунды.
29 июля 1944 года пилоты I./JG 400 (6 Me 163) попробовали перехватить бомбардировщики из 1-й и 3-й дивизий. В 11:45 пилоты Р-38 Lightning под командованием капитана Артура И. Джеффри попытались перехватить одиночную «Комету», атаковавшую В-17. В 11:48 американские бомбардировщики атаковала еще одна «Комета».31 июля 1,/JG 400 располагала 16 самолетами, в том числе 4 боеготовыми. 2./JG 400, которая в этот день также перебазировалась в Брандис, располагала 5 «Кометами» в том числе 2 боеспособными. В начале августа руководство OKL (Oberkommando der Luftwaffe) приняло решение сформировать 3./JG 400. Командиром новой эскадрильи стал капитан Фальдербаум, создатель тактики «Wilde Sau» — использования одноместных ночных истребителей. 5 августа пилоты 489-й бомбардировочной группы наблюдали одиночные «Кометы», которые так и не атаковали американцев. В тот же день «Кометы» заметил сержант Чарльз М. Некрасил из 100 BG. Он заметил три Me 163, шедшие на высоте 11500 м. 16 августа 1096 В-17 и В-24 атаковали цели в окрестностях Белена, Халле, Дрездена, Дессау, Кётена и Магдебурга. В 10:40 американские самолеты оказались над Брандисом. В этот момент на аэродроме в боевой готовности стояло 5 Me 163.
В 10:45 немцы атаковали противника. Фельдфебель Герберт Штрацники атаковал В-17 (ХК-Р) из 305 BG. Бортстрелок сержант Х.Дж. Кейсен открыл огонь с дистанции 900 метров и вел его пока немецкий истребитель приближался. Он доложил о попадании в Me 163, из которого заметил струю дыма. Фельдфебель Герберт Штрацники выпрыгнул с парашютом, а его машина разбилась в окрестностях Брандиса. Башенный стрелок другого В-17 (XK-G) сержант Х.К. Тьюбз обстрелял «Комету», атаковавшую его самолет, но без видимого результата. Третья «Комета», пилотированная лейтенантом Г. Рюллем (W.Nr. 163100), атаковала B-17G (42-31636, OR-N) из 323-го бомбардировочного дивизиона 91-й бомбардировочной группы и сбила его. Почти тут же Рюлль оказался перехвачен парой «Мустангов» из 370-го истребительною дивизиона 359-й истребительной группы. Самолеты пилотировали подполковник Джон Б. Мерфи (P-51D, CS-K. 44-13966) и ею ведомый 1-й лейтенант Сирил У. Джонс-младший (P-51D, CS-D, 44-13529). Срезанная очередью «Комета» упала в 10:52. Спустя четверть часа два других американских истребителя (капитан К.У. Хипшер и лейтенант Джимми Шоффит) из 359-го истребительного дивизиона атаковали еще одну «Комету». Шоффит обстрелял противника, но без видимого результата. В 11:02 еще одна «Комета» атаковала самолеты из 305-й бомбардировочной группы. Атакованный В-17 (XK-D) сумел уцелеть, а бортстрелок Дж. Д. Эдриан обстрелял противника, но не сумел поразить цель.
Захваченный американцами Me 163 получил бортовой номер FE 496. Выставка, Вашингтон, округ Колумбия, 1946 год.
Me 163В-1 во время подготовки к вылету, США.
24 августа немцы располагали всего несколькими исправными «Кометами». Около полудня район Лейны, Руланда и Веймара подверглись налету 1300 американских бомбардировщиков. В 11:45 по тревоге поднялось 1-е звено Me 163 (ведущий Зигфрид Шуберт). Почти сразу стартовало 2-е (Ганс Ботт и Герберт Штрацники) и 3-е (Петер Гуссер и Манфред Айзенманн) звенья. В 12:07 Шуберт атаковал В-17 из 92-й бомбардировочной группы, ведущего весь отряд. Ему удалось сбить «летающую крепость» лейтенанта Келера, прострелив бомбардировщику левое крыло. Шуберт атаковал следующий В-17, пилотированный 1-м лейтенантом Элвином Э. Хендриксоном, но безуспешно. Тем временем ведомый Шуберта атаковал В-17 2-го лейтенанта Стера Неджи (PY-R), добился попадания в двигатель, после чего американский бомбардировщик взорвался на высоте 6000 м.
Тем временем фельдфебель Айзенманн атаковал В-17 (JW-N) 1-го лейтенанта Ллойда Г. Генри. Атака закончилась провалом. Хвостовой стрелок сержант Уолтер Максимач сумел сбить «Комету». в 12:12 Шуберт сбил еще один В-17, на этот раз из 457-й бомбардировочной группы. Две остальные «Кометы» перехватили отряд 205-й бомбардировочной группы, но без результата. В конце августа число вылетов сократилось, поскольку в результате налета на Киль был поврежден завод, выпускавший C-Stoff. 15 августа аэродром в Бад-Цвишенан снова подвергся налету. В ЕК 16 оставалось 6 исправных Me 163. Было решено перебросить ЕК 16 в Брандис. Вместе с ЕК 16 в Брандис прибыл и капитан Рудольф Опиц, который возглавил I./JG 400.
