В 1607 г. Троицкое подворье оказалось косвенно причастным к важному событию российской истории – всенародному покаянию в государственной измене и клятвопреступлениях, совершенных в Смутное время. Очень многие люди всех слоев общества сначала приносили присягу Борису Годунову, затем его сыну Федору, изменив им присягой Самозванцу, которому тоже изменили. Многие уже начали присягать новому Самозванцу – Тушинскому вору. Смута была в душах россиян. Светлая идея о всенародном покаянии исходила от нового царя Василия Шуйского и вновь избранного патриарха Гермогена, поддержанных всем освященным собором. Было принято решение пригласить из Старицы низложенного «при Самозванце патриарха Иова и просить его простить, разрешить, очистить содеянные грехи клятвопреступления» (23, с. 428). Сосланный Лжедмитрием патриарх Иов прибыл в Москву 14 февраля 1607 г. и остановился по царскому повелению на Троицком подворье. 20 февраля в Успенском соборе состоялось торжественное всепрощение, на котором присутствовала «вся посадская Москва, гости и из всех слобод и сотен старосты, сотские, торговые и мастеровые и всякие люди мужеска полу, подавшие бывшему патриарху челобитную от всенародного множества, с великим плачем и неутешным воплем, простить и разрешить всенародные клятвенные грехи. В соборе архидьякон с амвона велегласно прочел эту челобитную, а потом и прощальную разрешительную грамоту, написанную по решению всего духовного собора» (23, с. 428).
В XVII в. Троицкое подворье выполняло несколько функций, ставших для него традиционными, которых не было у других кремлевских монастырей. Так, здесь обычно жили кандидаты в патриархи до их посвящения в сан, затем переселявшиеся на патриарший двор, а также кандидаты в архимандриты Троице-Сергиева монастыря.
Возвратившийся в Москву из польского плена 14 июля 1619 г. отец царя Михаила Федоровича, митрополит Филарет, был поселен на Троицком подворье, где к его приезду были приготовлены каменные кельи, к шести дверям которых для обивки было отпущено сукно.
31 января 1667 г., после ссылки Никона, патриархом был избран архимандрит Троице-Сергиева монастыря Иоасаф. Он жил «на своем Троицком подворье в Богоявленском монастыре» до избрания, которое происходило в царском дворце, в Теремных покоях, а после избрания шествовал «к себе на подворье в святые ворота, в церковь Богоявления, потом в церковь Сергия чудотворца, где слушал обедню, и затем удалился в келью».
Чин поставления в патриархи был достаточно сложен и продолжался несколько дней. После избрания, 8 февраля, состоялось «наречение» у Вселенских патриархов Антиохийского Макария и Александрийского Паисия в палате Чудова монастыря, откуда новонареченный патриарх Иоасаф II торжественно шествовал на свое подворье. На следующий день, в Успенском соборе, после малой вечерни состоялось торжественное провозглашение или «благовестие», в котором Вселенские патриархи провозгласили его на патриаршество «Богоспасаемого града Москвы и всея России». После этого в сопровождении архиереев патриарх Иоасаф II присутствовал на торжественном обеде в палатах у Вселенских патриархов и вновь возвратился к себе на подворье. И только 10 февраля состоялось поставление нового патриарха, после которого, вместо Троицкого подворья, он шествовал уже на патриарший двор (23, с. 430–431).
Подворье посещали также цари с семейством, часто в сопровождении патриархов, в праздник Богоявления или Крещения Господня, 6 января; 25 сентября – на память преподобного Сергия и 5 июля – в день обретения его мощей нетленными; 8 февраля и 8 июня – в дни памяти вмч. Федора Стратилата.
В Кремле была только одна церковь во имя Богоявления – на Троицком подворье, поэтому в этот праздник царь Михаил Федорович всегда слушал в ней литургию после Иорданского крестного хода. Так как на крестный ход царь выходил в большом царском наряде, то, приходя на Троицкое подворье, он переодевался в более легкий наряд, в котором слушал церковную службу. До 1653 г. приходил на подворье в праздник Богоявления царь Алексей Михайлович, а затем стал ходить в Успенский собор. Тем не менее его сын, царь Федор Алексеевич в 1675 г. приходил в праздник Богоявления к вечерне и к обедне на Троицкое подворье. Тогда служил сам патриарх Иоаким и с ним три митрополита, два архиепископа, один епископ, четыре архимандрита, шесть игуменов и протопопы.
В летописях отмечено, что в дни памяти преподобного Сергия, 5 июля и 25 сентября, к литургии на подворье в Сергиевскую церковь приходили по особым внутренним переходам цари Михаил Федорович, Алексей Михайлович, Федор Алексеевич. В особо торжественные дни Алексей Михайлович провожал на подворье иконы с крестным ходом, взятые из его храмов. Приходил сюда и молодой царь Петр Алексеевич с царицей и старшими царевнами, также внутренними переходами.
Эти тайные внутренние переходы, связывавшие царский двор с различными другими территориями, неоднократно упоминаются в летописях и являются одной из загадок Кремля, так как их точное расположение и количество остается неизвестным.
Около Троицкого подворья постоянно обитали нищие «леженки», называемые еще «кибиточными», которые не могли ходить. Их число достигало 14 человек и почитались они почти как юродивые. Все патриархи в праздники памяти св. Сергия при посещении подворья раздавали им милостыню.
Празднование памяти св. Федора Стратилата особо отмечал царь Алексей Михайлович, построивший на подворье особый придельный храм в его честь у Сергиевской церкви, так как этот святой был небесным покровителем его сына, будущего царя Федора Алексеевича, который, естественно, поддерживал эту традицию (23, с. 430–431).
Еще одна новая функция появилась у Троицкого подворья в 1679 г., когда царь Федор Алексеевич повелел поместить здесь школу для изучения греческого языка – зародыш Славяно-Греко-Латинской Академии (24, № 1436).
Об архитектуре храмов Богоявленского монастыря в Кремле этого времени можно говорить только после их радикальной перестройки, осуществленной в связи с пожаром 1 февраля 1565 г., зафиксированной на плане Кремля «Кремленаград» начала 1600-х гг, на котором относительно достоверно изображены кремлевские здания и сооружения.
Во время изготовления этого плана территория монастыря состояла из двух частей, разделенных забором на высоких деревянных столбах. Северная его часть отделялась от Троицкой улицы протяженным корпусом, начинавшимся от церкви св. Сергия и заканчивавшимся небольшим, круглым в плане одноглавым храмом неизвестного посвящения, входа в который со стороны монастырского двора не видно. К этому храму примыкал боковой стеной небольшой корпус с арочным проездом по центру. Дальше к востоку, вплоть до стены царского двора, монастырского ограждения нет, но показана дорога, выходящая из ворот этого двора, скорее всего как раз Куретных, потому что над ними изображена башенка, которой нет на других воротах, находившихся севернее, и которая заканчивает у наружного торца корпуса с арочным проездом. Характерен общий вид северной территории, имеющей форму трапеции.
Южная территория монастырского двора с запада не имеет четкой границы. Там изображены два параллельных, возможно, двухэтажных корпуса, за которыми дальше к западу видны небольшие домики, видимо уже служебной задней части царского двора. Южная граница этой территории и монастыря в целом также не вполне ясна. Скорее всего, на плане она обозначена забором, идущим от маленькой круглой в плане одноглавой церковки до ближнего корпуса на западной границе. По плану «Кремленаград» эта церковь показана относящейся к монастырю. Пространство между южной границей монастыря и двором Годунова в этом случае оказывается проездом, ведущим к Новому царскому двору, на который ориентированы въезды из монастыря и со двора Годунова. В центре южной монастырской ограды показан одноэтажный корпус с арочным проездом посередине. Между ним и западным корпусом показан еще один арочный проем в ограде, и, наконец, в этот проезд выходят двери церковки на углу Троицкой улицы и примыкающей к ней маленькой прямоугольной пристройки типа караульной будки.
На восточной границе этого монастыря, между Сергиевским храмом и угловой церковью, не видно вообще никакой ограды. Возможно, ее не было в 1600-е гг., и монастырские храмы были открыты для всех посетителей, но скорее она все же существовала и не показана просто потому, что на рисунке плана это было сделать затруднительно чисто технически.
Отмеченная выше трапециевидная граница северной территории хорошо видна на «Годуновом чертеже» начала 1600-х гг. (45, с. 54–55, рис. 16б), более подробной и увеличенной частью которого считается план «Кремленаград». По-видимому, там же изображены оба главных храма монастыря и разделяющая северную и южную части его территории перегородка в виде протяженного корпуса. Различима территория монастыря на «Петровом чертеже» (45, с. 50–51, рис. 16а). На «Сигизмундовом» плане читается характерный силуэт церкви преп. Сергия (45, с. 65, рис. 20). Возможно, он изображен на гравюре М. Мериана 1638 г. (45, 74–75, рис. 27а) и хорошо виден на плане А. Мейерберга (45, рис. 27в).
