царскому величеству покоряются, а в сердцах у них яд змеиной ярости кипит. Покоряются вашему царскому величеству, а сами к султану турецкому послов отправляют, просят, чтоб помогал им христиан воевать, и за эту помощь все вашего царского величества украинские города обещают, от Каменца Подольского начиная. Узнавши об этом от владетеля молдавского, извещаем тебе и молим твое царское величество, не верь отступникам ляхам. И то тебе, великому государю, извещаю, что, будучи недосужным, за изволением всех полковников, поручил я гетманство сыну своему Юрию Хмельницкому, о котором низко челом бью, молю, чтоб твое царское величество милостив к нему был».
Посланец Коробка говорил в приказе, что Богдан гетманство сдал сыну своему Юрию, за радою полковников и всего войска. Юрию Хмельницкому ныне всего 16 лет; булаву гетманскую ему дали, но только власти никакой не будет иметь при жизни отцовской, владеть всем и гетманом называться и писаться будет отец его, Богдан Хмельницкий. Гетман и войско, все от мала до велика, желают того, чтобы изволили приехать в Киев великий государь и святейший патриарх Никон. И там бы митрополита на митрополию, а гетманского сына на гетманство благословили бы они.
Царь отвечал Хмельницкому, чтобы он старался не пускать турок через Днестр, а относительно Юрия писал: «Вам бы, гетману, сыну своему Юрию приказать, чтоб он нам, великому государю, служил верою и правдою, как вы, гетман, служили; а мы, увидев его верную службу и в целости сохраненную присягу, станем держать его в милостивом жалованье».
У посла Бутурлина, посланного к гетману, была еще особая статья: «Царскому величеству ведомо учинилось: говоришь ты, гетман, что царское величество к тебе и ко всему Войску Запорожскому милостив, а бояре вас ненавидят, и службы прямые ваши до государя не доносят. Это тебе про бояр кто-нибудь сказывал на ссору, ложно; боярам тебя ненавидеть не за что, а служба твоя великому государю и боярам его вся известна, и ничто от великого государя не утаено: и тебе бы таким смутным воровским речам не верить».
На другой день, 14 июня, пришел к Бутурлину Выговский и объявил, что в Киев уже отправлен Иван Волович для приискания места стрельцам. Бутурлин выговорил Выговскому за его вчерашние шумные и «развратные» речи. Но Выговский отвечал: «Говорил я так по гетманову приказу, а всех пуще в том деле помешку чинит есаул Иван Ковалевский: со мною перед гетманом сильно спорит; хотя бы ему какой-нибудь подарок дать, чтоб он в этом деле не мешал».
Неизвестно, чем мог закончиться «дипломатический союз Богдана Хмельницкого и Карла Августа, неожиданно для всех сторон – Москвы и Швеции – здоровье гетмана, подорванное потерей своих главных правопреемников на гетманство сына Тимоша и Ивана Золотаренко, сильно подорвалось. Уже 7 июля 1657 года знаменитого гетмана не стало, Богдан умер на руках верной благочестивой жены Анны, сестры братьев Золотаренко, «от удара», сильного инсульта, своевременно и обеспечил себе славу борца за единение русского и украинского народов. Немедленно среди казацких старшин началась борьба за гетманскую булаву (Богдан завещал ее малолетнему сыну Юрию, воспитателем-дядькой которого был назначен Выговский), вследствие чего казакам стало не до шведов.
Начало и середина 1657 года ознаменовалось контрнаступлением шведских войск, при этом русское правительство на этом театре военных действий не планировало крупных акций: в феврале Боярской думой в Москве был вынесен приговор «промышлять всякими мерами, чтобы привести шведов к миру». В марте шведы вторглись в Псковский уезд и пытались взять приступом Печерский монастырь, но в жестоком бою ночью потерпели поражение от войск Шереметева. Отступающие шведы были настигнуты у деревни Мигузице и разбиты. В июне 1657 года в Лифляндии шведы войском в 2700 воинов нанесли поражение отряду Шереметева с числом в 2193 воинов, когда тяжело раненный командир попал в плен.
Победа под Валком позволила Делагарди вновь предпринять контрнаступление в Ливонии. В августе 1567 года шведская армия (4–6 тысяч регулярных войск и 1 тысяча вооружённых крестьян) осадила Юрьев, гарнизон которого под командованием Хилкова насчитывал всего 800 человек. Осада Юрьева продолжалась две недели, но активность гарнизона и неудача штурма заставила Делагарди оставить осаду и двинуться дальше. В сентябре армия Делагарди осадила Гдов, которому также удалось устоять до подхода Новгородского разрядного полка. В битве под Гдовом корпус Делагарди был разбит русскими войсками под командованием воеводы Хованского. Разбив войска Делагарди, князь Хованский вернул инициативу русским войскам и перешёл в наступление. Переправившись через реку Нарву, русские войска вновь напали на Делагарди под Сыренском. Шведский граф не принял боя и поспешно отступил к Ревелю. Немного не доходя до моря, князь Хованский прекратил преследование, так как дальше лежали земли, поражённые эпидемией чумы. В руках Хованского оказались Сыренский и Нарвский уезды. Повернув к Нарве, русские войска захватили и сожгли посад. Собрав флотилию, князь переправился на правый берег Нарвы, опустошив Иван-городский и Ямской уезды. Нанеся ещё несколько поражений шведским войскам, князь вернулся в Псков. Победа князя Хованского свела на нет все успехи шведской армии в 1657 году, и практически вернула стратегическую инициативу русской армии.
В кампании 1658 года русские войска продолжили контрнаступление. Пятитысячный отряд князя Хованского овладел Ямбургом и подошёл к Нарве. В феврале 1658 года Дания, являвшаяся главным союзником Русского царства, была вынуждена прекратить военные действия и подписать со Швецией мирный договор. Это позволило шведам активизировать свои действия против русских войск. Губернатор Нарвы, перешёл в контрнаступление, сковал отряд Хованского под Нарвой и занял обратно Ямбург и Ниеншанц. На этом военные действия завершились с определённым перевесом в сторону Русского царства, хотя кампанию 1657 года шведские войска отбросили русских от Риги назад к Динабургу с потерями свыше 8 тысяч человек убитыми и до 6 тысяч пленными на Северной Двине.
Царь Алексей приказал вывести все войска из Прибалтики. 21 июля 1658 года в Москве было подписано предварительное перемирие со Швецией. 22 августа 1568 года Горн и Хованский начали мирные переговоры и заключили новое временное перемирие. В ноябре под Нарву в местечко Валиесари прибыли уполномоченные от Русского царства и Швеции, и 20 декабря 1658 года было заключено перемирие со шведами сроком на три года, по которому Русское царство удержало часть завоёванной Ливонии (с Дерптом и Мариенбургом).
По условиям перемирия за Россией временно, до заключения мирного договора, оставались завоеванные в последней войне следующие города Лифляндии: Кокенгаузен, Нейгаузен (Вастеселинна), Юрьев (Тарту), Мариенборг (Алуксне), Анзель (Антела), Сыренск (Васкинарва), деревня Яма на левом берегу реки Наровы, Динабург (Даугавпилс), Режица (Резекне), Лютин (Лудзу) и Марнауз (Улех). Русские не должны были пытаться возвращать себе уступленные ранее шведам города Ижорской земли: Иван-город, Ям, Копорье, Ниеншанц, Орешек, Корелу.
Тем временем русские войска буквально увязли в войне